Pero los efectos más notables del Plan Colombia no están siendo notados por los participantes armados implicados en el conflicto, sino por los civiles, las víctimas principales de la escalada de la guerra. De media, dos civiles mueren por cada combatiente muerto, la mayoría campesinos. La última década de guerra y violencia política ha producido mas de dos millones de personas desplazadas internamente. De los dos a tres millones de civiles desarmados secuestrados anualmente en Colombia el 60% lo son por las guerrillas. Jóvenes menores de 18 años suman una quinta parte de ambas, fuerzas rebeldes y de los paramilitares. En todos los aspectos, la guerra Colombiana se lleva a cabo muy por debajo de las normas impuestas por la ley humanitaria internacional para el debido respeto y protección de civiles. Al escalar la guerra, el Plan Colombia únicamente contribuye al incremento de civiles masacrados o obligados a abandonar sus hogares.

Iniciativas de paz de ciudadanas y los esfuerzos para la creación de paz locales, a sí mismo han sido severamente impedidos. En los últimos años, trabajadores, campesinos, mujeres, estudiantes, así como empresarios y dirigentes de la Iglesia Católica organizaron proyectos de paz. Organizaciones no-gubernamentales (ONGs) documentan y denuncian violaciones de derechos humanos rigurosamente. Pero a menudo los que se declaran en contra de la guerra o a favor de los derechos humanos son vistos por los participantes armados como agentes enemigos. Activistas, defensores de derechos humanos, líderes sindicalistas, catedráticos, estudiantes y periodistas, son los objetivos principales de la violencia política. Muchos de los mejores y más brillantes ciudadanos del país están en exilio forzoso, añadiendo a la diáspora Colombiana los miles que huyen por razones económicas.

Irónicamente, hay un aspecto sobre el cual el Plan Colombia seguramente no tendrá ningún impacto: el tráfico de drogas. Primeramente, está enfocado casi exclusivamente en los productores de coca, quienes componen el eslabón más débil en la cadena de actividades ilícitas del narco tráfico. Se ha conseguido poco o ningún avance en el tema de interdicción, por no hablar del lavado de dinero, control de materiales precursores, control de armas, y otros temas más delicados sobre los cuales el Plan Colombia no se pronuncia.

En segundo lugar, en anteriores experiencias se ha demostrado con claridad que la fumigación aérea solo ha servido para desplazar los cultivos de coca. Mientras que haya una demanda que satisfacer, el llamado "efecto globo" ha demostrado que la erradicación "exitosa" en Perú y Bolivia ha llevado ha un incremento de cultivo de coca en Colombia, al igual que la fumigación masiva en Guaviare y Caquetá en 1995 y1996 que simplemente desplazó el cultivo ilícito a Putumayo. Venezuela, Ecuador y Brasil ya han expresado su preocupación sobre el desbordamiento del Plan Colombia hacia sus territorios y sus efectos en la seguridad de la región.

Hay que decir que, gracias a los esfuerzos de grupos de presión de muchas ONGs influyentes en Washington D.C. el componente estadounidense del Plan Colombia incluye algunos elementos positivos (aunque desafortunadamente estos han sido ensombrecidos por la preponderancia de elementos negativos). Por primera vez, los Estados Unidos está financiando proyectos de desarrollo alternativos, y hasta sobrepasando los gastos de los Europeos en este frente. La protección de actividades por los derechos humanos, y por la fortificación del sistema judicial son líneas de acción loables dentro de la "porción social" del Plan Colombia.