El efecto más dramático del Plan Colombia ha sido en la guerra interna. Aunque en los EE.UU. fue calificada como una intervención anti-narcótica, en Colombia es claramente entendida y vista como una acción de contrainsurgencia. Aunque la mayoría de material bélico-principalmente helicópteros Blackhawk-aún ha de llegar y no estará totalmente desplegado hasta finales de año, el Plan Colombia ya ha tenido un gran impacto en los grupos implicados en el conflicto armado, cambiando la manera de verse y el desarrollo de sus estrategias respectivas.

Por un lado, ha restablecido esperanzas de una solución militar dentro del ejército y los elementos conservadores de la elite civil. Después de tener las guerrillas la iniciativa durante muchos años en el campo de batalla, el Plan Colombia ha llevado a muchos a creer que ahora, con la ayuda de EE.UU., la situación puede dar un vuelco. El Presidente Pastrana pensó que el Plan Colombia mejoraría su posición en los diálogos de paz con las FARC, las Fuerzas Armadas Revolucionarias Colombianas; de hecho ha hecho lo opuesto, reduciendo su maniobrabilidad y fomentando la desconfianza por parte de los insurgentes. El ejército ha incrementado su poder dentro del gobierno, inclinando la balanza del poder de relaciones civiles-militares más a su favor.

El Plan Colombia igualmente ha envalentonado a los insurgentes. Por fin ha dado credibilidad a su inicial afirmación de estar luchando por la liberación nacional y contra el imperialismo Yanqui. En departamentos como Caquetá y Guaviare, no hay duda alguna que el incremento en reclutamiento es en gran parte debido al gran descontento generado entre los campesinos por la fumigación aérea. El Plan Colombia ha reforzado la posición de los componentes duros de las FARC, quienes han argumentado desde un principio, que el gobierno, lejos de buscar reformas sociales y negociar la paz, está preparando su derrota militar. De hecho hay documentación que las FARC han adquirido diez mil AK 47 a través del notorio ex jefe de inteligencia Peruano Vladimiro Montesinos; ésto, ha dicho el grupo, es solo el principio de su respuesta al Plan Colombia. Existe ahora una carrera armamentística, en la cual las guerrillas, con sus amplios recursos y tropas reducidas, tienen una clara ventaja a largo plazo sobre el ejército que tiene que contar con los contribuyentes Colombianos y Estadounidenses para mantener los niveles de gastos militares actuales.

La implantación del Plan Colombia también ha coincidido con el rápido crecimiento de grupos paramilitares de derechas, la mayoría de los cuales pertenecen a las AUC, Grupos de Autodefensa Estadounidenses de Colombia. Las AUC se han mudado al departamento de Putumayo, donde se está llevando a cabo la mayoría de la fumigación. Algunos observadores han interpretado esta migración de las AUC como la primera fase no-oficial del Plan Colombia, diseñada para abrir el camino al ejército.

El Plan Colombia estaba enfocado únicamente hacia el sur del país, la fortaleza histórica de las FARC, y no el norte, donde tienen su base los grupos paramilitares. Muchos consideran esto una prueba de que el Plan Colombia es una estrategia de contrainsurgencia disfrazada como contra-narcótica. Carlos Castaño, dirigente de las AUC, ha anunciado públicamente su apoyo al Plan Colombia: evidentemente el también lo ve más como una arma contra las FARC, su odiado enemigo, que como una estrategia efectiva contra el narco-tráfico del cual ha confesado haber conseguido el 70% de los ingresos de su organización.